O São Paulo está fora da disputa da Copa do Brasil sub-20 em 2019, nesta edição somente os campeões estaduais e os vices das melhores Federação ranqueadas, no caso São Paulo, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Rio Grande do Sul e Santa Catarina vão participar.
No Paulistão sub-20 2018, o São Paulo acabou sendo eliminado na semifinal para o Corinthians, que acabou sendo vice-campeão ao perder a decisão para o Palmeiras.
Com a mudança no critério, a equipe são-paulina que conquistou a edição de 2018 ao vencer o Corinthians na final, fica de fora da competição.
Caso diferente do sub-17, pois o time da categoria chegou na final do Estadual contra o Palmeiras, acabou derrotado, mas entra no critério citado acima das Federações melhores ranqueadas. Essa competição que só se inicia em agosto.
No Brasileirão Aspirantes, nacional sub-20 e sub-17, o São Paulo estará presente por estar entre os 16 melhores times no Ranking Nacional dos Clubes.
