Nos últimos anos, o departamento médico e a preparação física do São Paulo foram bem questionadas, em 2019 chegou no auge das críticas da torcida e da imprensa, pois a diretoria decidiu fazer mudanças nos departamentos.
Os preparadores físicos Wellington Valquer e Henrique Martins, o coordenador científico Altamiro Bottino e o fisiologista Marco Aurélio Melo foram demitidos do clube.
Marco Aurélio Melo e Henrique Martins tinham o trabalho voltado as categorias de base, em Cotia. Altamiro Bottino era o responsável pelo coordenação científica, chegou em 2017, vindo do Palmeiras, teve avanços na área e por isso o cargo não terá mais funcionário. Wellington Valquer veio junto com Carlinhos Neves no começo de 2019, o preparador já tinha passado pelo clube em 1997 até 2007, e de 2009 até 2011, desta vez não durou nem uma temporada direito.
Para fisiologista, o São Paulo contratou Luís Fernando de Barros, que trabalhava no Santos há cerca de dez anos. Luís Fernando é especialista em medicina esportiva pela UNIFESP – EPM, especialista em medicina do esporte pela Sociedade Brasileira de Medicina do Exercício e do Esporte e médico associado do HCor (hospital do coração de São Paulo).
Luís Fernando de Barros é filho de Turíbio Leite de Barros, fisiologista do São Paulo durante 25 anos, um dos principais responsáveis pelo REFFIS e que acabou demitido em 2010.
Com tantas mudanças na comissão técnica, o trio que comandará o departamento de saúde será José Sanchez (médico do clube há 36 anos), Tadeu Moreno (médico que entrou no lugar de Auro Rayel no meio deste ano e estava na base), e Luís Fernando de Barros. Eles tomarão decisão em conjunto com outras áreas da saúde como fisioterapeutas, nutricionista e psicologia.
Os dois preparadores físicos que permanecem no São Paulo são os de Fernando Diniz: Pedro Campos e Wagner Bertelli. O fisiologista Renan Dias também permanece no clube, assim como a equipe de fisioterapia comandada por Ricardo Sasaki.
