Campeões mundial em 2002, Marcos e Rogério Ceni cultivaram uma grande amizade naquele período, junto também com Dida. Mesmo disputando espaço na seleção na Copa de 2002, firmaram uma parceria que levaram para a vida.
Marcos e Rogério Ceni são grandes amigos, e sempre conversavam bastante antes dos clássicos Choque-Rei. Duelaram em jogos importantes na Copa Libertadores, com direito a Ceni marcando de pênalti sobre o seu amigo.
A relação sempre foi positiva, e Marcos faz questão de deixar recados positivos para o seu amigo que segue a carreira no futebol. Diferente do ex-goleiro palmeirense que apenas tem pitacado ou zoado em suas redes sociais.